മൂവാറ്റുപുഴയിൽ അധ്യാപകന്റെ കൈ വെട്ടിയ കേസിൽ ആദ്യ മൂന്ന് പേർക്ക് ജീവപര്യന്തം ശിക്ഷയും ബാക്കി മൂന്നുപേർക്ക് മൂന്നുവർഷം തടവും വിധിച്ചു. . .രണ്ടാം പ്രതി സജിൽ , മൂന്നാം പ്രതി നാസർ ,അഞ്ചാം പ്രതി നജീബ് എന്നിവർക്കാണ് ജീവപര്യന്തം വിധിച്ചത്. ഒമ്പതാം പ്രതി നൗഷാദ്,പതിനൊന്നാം പ്രതി, മൊയ്തീൻ,പന്ത്രണ്ടാം പ്രതി അയ്യൂബ് എന്നിവർക്ക് മൂന്ന് വർഷം തടവും വിധിച്ചു. ശിക്ഷ ഒരുമിച്ച് അനുഭവിച്ചാൽ മതി. ് നാല് ലക്ഷം രൂപ ടി.ജെ ജോസഫിന് നൽകണമെന്നും കോടതി വിധിച്ചു.
കൊച്ചിയിലെ എൻ.ഐ.എ കോടതി ജഡ്ജി അനിൽ ഭാസ്ക്കറാണ് ശിക്ഷ വിധിച്ചത്. പത്ത് വർഷം മുതൽ ജീവപര്യന്തം വരെ തടവ് ശിക്ഷ ലഭിക്കാവുന്ന വകുപ്പുകളാണ് കുറ്റക്കാരെന്ന് കണ്ടെത്തിയ ആറ് പേരിൽ മൂന്ന് പേർക്കെതിരെ ചുമത്തിയിട്ടുള്ളത്.
2010 ൽ ചോദ്യപേപ്പറിൽ മത നിന്ദ ആരോപിച്ച് തൊടുപുഴ ന്യൂമാൻ കോളജ് അധ്യാപകനായിരുന്ന ടി.ജെ ജോസഫിന്റെ കൈ വെട്ടിയ കേസിലാണ് കോടതി രണ്ടാം ഘട്ട വിചാരണ നടത്തി ശിക്ഷ വിധിച്ചത്. ആദ്യഘട്ടത്തിൽ 13 പേരെ ശിക്ഷിച്ചിരുന്നു.
തീവ്രവാദ പ്രവർത്തനം നടത്തിയ പ്രതികൾ മതസൗഹാർദ്ദത്തിന് പോറൽ ഏൽപ്പിച്ചുവെന്ന് കോടതി വിലയിരുത്തി. അധ്യാപകൻ ചെയ്തത് മതനിന്ദയാണെന്ന് സ്വയം പ്രഖ്യാപിച്ച് ശിക്ഷ നടപ്പാക്കി. അധ്യാപകന്റെ കൈവെട്ടിയതിലൂടെ മതാധിഷ്ഠിത നീതിന്യായ വ്യവസ്ഥ ഉണ്ടാക്കാൻ ശ്രമിച്ചുവെന്നും ജഡ്ജി കുറ്റപ്പെടുത്തി .